La iglesia San Jacinto del Morro, tiene como patrono, de ahí su nombre, al santo polaco San Jacinto de Cracovia, a quienes los primeros pobladores, los indios Chanduyes, lo tomaron como su protector en 1737, luego de apoderarse de las tierras de Caucan, Guzmán y Jordán.

La iglesia conserva un alto valor histórico y religioso por ser una de las pocas que aún se conservan de la época de la colonia, data del siglo XVIII, año 1737 en que fue construida con madera y adobe, en un terreno ubicado al ingreso de la parroquia. Ha sido reconstruida a través del tiempo en diferentes etapas. Una de ellas fue en 1855, cuya construcción tardó 43 años, terminándosela en 1898, según señalan libros de la historia local. Era de madera, tenía piso entablado y columnas de madera forradas con tablas con 20 ventanas en las paredes laterales y tres entradas en el frente.

Durante su primera restauración se encontraron osamentas humanas debajo del altar, que probablemente eran de sacerdotes.

Ya en la era moderna, en 1993, el Banco Central, intentó su reestructuración, realizando arreglos en el techo, sin embargo los trabajos no pudieron continuar y la obra quedo paralizada por 15 años, hasta que en 2008, intervino el Municipio de Guayaquil, para restaurarla como parte del proceso de regeneración urbana, emprendido por la alcaldía, siendo reinaugurada el 30 de Enero de 2010.

La reestructuración se realizó, sin perder los materiales originales, entre los que están: madera tallada revestida de oro, e imitación de zinc con teja artesanal para la parte alta de las torres. La iglesia, fue declarada patrimonio cultural en 1980.

Su arquitectura colonial. Su campanario, al que se puede llegar subiendo unas escaleras, situadas al interior de la iglesia y que además ofrece un contacto con la naturaleza, pues más arriba, hay unos ventanales, desde los que se pueden observar, una ciénaga (pantano) rodeada por árboles de tamarindo y la isla Manglarcito (al frente), en la que habitan una diversidad de aves.

En este marco natural, otra de atracciones de esta iglesia, con las palomas, que ingresan por las hendijas que hay a los costados del templo.